中国中医科学院望京医院平谷院区始建于1986年，1996年通过二级甲等中医医院评审。2015年通过三级甲等中医医院评审。2024年成为中国中医科学院研究生院教学医院。2025年9月平谷区人民政府与中国中医科学院望京医院签订合作共建协议，我院正式成为中国中医科学院望京医院平谷院区。是一所集中医医疗、科研、教学、康复、预防于一体的综合性中医医院。

医院占地面积41367平方米，建筑面积46051.36平方米，编制床位800张。医院三期工程暨全国“中医药平急两用”综合楼项目正在建设中，将新增建筑面积45527平方米。现有科室61个，其中职能科室24个，临床科室29个，医技及辅助科室8个。

医院现有职工890人。现有高级职称111人，硕博士研究生126人。享受国务院特殊津贴专家2名，全国优秀党务工作者、全国先进工作者1人，北京市五一劳动奖章获得者3人。国家级传承指导老师1名，首都国医名师1名，首都名中医1名，首都中青年名中医1名，市级传承指导老师3名。全国优秀中医临床人才1名，北京市中医卓越人才、复合中医药学术带头人1名。市级名老中医药专家传承工作室（站）8个。

医院拥有北京市级及以上重点专科7个。国家中医药管理局十二五重点专科培育项目、国家中医优势专科1个为康复科。北京市级重点专科6个，分别骨伤科、推拿科、脑病科、内分泌科、针灸科和康复科。医院拥有北京市级重点学科2个，区级重点学科10个。